Sau khi thực hiện Kế hoạch 93A của UBND tỉnh, toàn tỉnh đã giải tỏa được 3083 vi phạm công trình thủy lợi. Tuy nhiên, số vi phạm mới, xây nhà, công trình phụ kiên cố vi phạm công trình thủy lợi vẫn còn nhiều. Trong đó, riêng hệ thống Băc Hưng Hải còn 1185 vi phạm và 2421 trường hợp vi phạm do Công ty Khai thác công trình thủy lợi tỉnh Hưng Yên quản lý. 

Các huyện còn nhiều vi phạm công trình thủy lợi là Kim Động 912, Khoái Châu 793, Yên Mỹ 378, Văn Giang 268. Đáng chú ý tại huyện Ân Thi, trong năm 2017 vẫn để xảy ra một số vi phạm mới phát sinh tại xã Phù Ủng và Vân Du.

Bên cạnh đó, tại huyện Tiên Lữ, vẫn còn 8 bến bãi không phép hoạt động, vi phạm hành lang đê và ảnh hưởng đến hệ thống thoát nước trong mùa mưa bão của tuyến đê sông Luộc qua địa bàn huyện.